在我国，国家赔偿也是独立于民事赔偿的自成体系的法律制度，它和民事赔偿有很大区别，具体表现在：
1、两者的赔偿主体不同。
国家赔偿的主体是国家，即国家是赔偿责任的承担者，但具体的赔偿义务由法定赔偿义务机关履行，民事赔偿的主体是民事主体，赔偿主体与赔偿义务人是一致的。
2、两种赔偿发生的基础不同。
国家赔偿发生在国家权力的动作过程中，由国家侵权行为引起；而民事赔偿则由发事侵权行为引起，发生在民事活动中，与公共权力的动作无关。
3、两种赔偿的归责原则不同。
国家赔偿的归责原则主要是违法原则，我国国家赔偿法规定，国家机关和国家机关工作人员违法行使职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利。即国家赔偿以国家机关及工作人员的行为违法为前提。而民事赔偿的归责原则主要是过错原则，即以行为人主观上的过错为承担民事赔偿责任的基本前提。此外，在民事赔偿中还确立了无过错原则和公平责任原则作为过错原则的补充。
4、两种赔偿的程序不同。
国家赔偿的程序较为复杂，分为行政赔偿程序和刑事赔偿和程序，它和民事赔偿程序相比，有二点显著区别：
首先，在提起国家赔偿诉讼之前，除在行政诉讼中附带提起赔偿外，请求人应先向赔偿义务机关提出赔偿请求，即实行赔偿义务的机关决定前置原则，不经该决定程序，法院不予受理。而民事赔偿中，受害人可以直接向法院提起赔偿请求，无需经过任何前置程序。
其次，证据规则不同，国家赔偿一般实行“初步证明”规则，即赔偿请求人首先要证明损害已经发生，并且该损害系国家机关及工作人员的违法行为所引起，继而，证明责任转移到被告，被告即国家机关要证明引起损害的行为合法或从未实施该行为等有得于自己的证据；而民事赔偿诉讼中则实行“谁主张、谁举证”的证据规则。
5、两者的赔偿范围不同。
国家赔偿主要限于物质损害的赔偿，精神损害原则上不予赔偿；对物质损害的赔偿以直接损失为限，不包括间接损失。而民事赔偿既包括对物损害的赔偿，也包括对精神损害的赔偿，对物质损害的赔偿不以直接损失为限，也包括间接损失。
6、两者的赔偿方式不同。
国家赔偿以支付赔偿金为主要赔偿方式；而民事赔偿既可以采取金钱赔偿方式，也可以采取恢复原状等方式。
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